Sekolah Tinggi Ilmu Komputer Ambon lahir sebagai perwujudan komitmen Yayasan Ilmu Teknologi Komputer Indonesia Ambon untuk membangun masyarakat well informed. Komputer sebagai piranti utama tekhnologi informasi dan komunikasi  menjadi penting dikuasai, dimanfaatkan dan dikembangkan. Penguasaan terhadap Komputer sebagai bagian dari produk Tenologi Informasi akan memberi manfaat besar, terutama dalam mendorong produktivitas berbagai sektor pembangunan baik skala lokal maupun nasional. Oleh sebab itu angka melek komputer bagi masyarakat harus ditingkatkan, tidak hanya melalui pendidikan informal, tetapi juga melalui pendidikan formal untuk jenjang pendidikan tinggi. 

Pendirian Sekolah Tinggi Ilmu Komputer Ambon adalah bagian dari upaya membantu pemerintah dalam menyediakan kesempatan melanjutkan pendidikan bagi para lulusan SLTA di bidang teknologi informasi dengan ciri khusus lulusan yang kompeten dibidang computer science. Dengan penguasaan ilmu ini diharapkan meningkatkan kreatifitas manusia Indonesia agar mendukung pembangunan nasional dan pengembangan daerah, sehingga dapat membantu pemerintah dalam menyediakan tenaga ahli yang kompeten mengamati, menganalisa, dan memiliki ketrampilan berlandaskan jiwa dan semangat pengabdian serta memiliki rasa tanggung jawab yang besar terhadap masa depan negara dan bangsa.

Prakarsa luhur pendirian STIKOM Ambon lahir dari putera Ambon yang telah lama menimba ilmu di United State of America tepatnya Murray State University Kentucky yakni Lukman Saleh. Dengan modal pendidikan Strata satu hingga strata dua di negeri Paman Syam itu, ditambah dengan pengalaman kerjanya yang cukup lama di National Aeronautics and Space Administration (NASA), sebuah agensi didirikan 1958 oleh pemerintah Amerika Serikat yang bertanggung jawab melakukan riset bagi sistem ruang angkasa masyarakat dan militer, Lukman Saleh ingin mendedikasikan kedua potensinya (pendidikan formal dan pengalamannya) untuk mencerdaskan generasi Ambon secara khusus dan Indonesia secara umum. Gagasan pembentukan STIKOM Ambon bukanlah gagasan kecil, butuh dukungan besar dari berbagai pihak, maka segenap keluarga besar mulai dari Ayah, Ibu dan sanak saudara Lukman Saleh menjadi bagian dari perjuangan pendirian STIKOM Ambon. Pada intinya pesan yang ingin disampaikan melalui pendirian STIKOM Ambon adalah ajakan untuk bersama-sama membangun Maluku yang Cerdas, Bersatu, dan Damai dibawah pangkuan Ibu Pertiwi, Negara Kesatuan Republik Indonesia.

Inisiasi pendirian STIKOM Ambon dirintis sejak tahun 2010 dan kemudian nanti menemukan titik terangnya pada tahun 2011. Perjuangan yang berat untuk memperoleh Ijin Operasional Perguruan Tinggi di Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi Kementerian Pendidikan Nasional RI, telah dijalani dengan pahit getirnya. Nampaknya, perjuangan untuk kebaikan memang bukanlah perjuangan mudah, tetapi harus melalui berbagai tantangan dan rintangan yang tidak sedikit. Kesungguhan, kegigihan, keuletan dan kesabaran serta tawaqqal kepada Allah yang mengantarkan STIKOM Ambon berdiri sebagai salah satu mercusuar Ilmu Pengetahuan dan Teknologi bidang Ilmu Komputer di negeri butiran manikam permai ini. Semoga STIKOM Ambon akan berdiri terus menjadi menara air yang bisa mengalirkan kehidupan yang damai dan merekatkan seluruh daratan di kepulauan Maluku serta memancarkan kilau kecerdasan bagi anak negeri.